加通社主导的一项非正式调查显示，至少有1,016,669剂疫苗因过期或其他原因而被扔进了垃圾桶，占全部供应量的2.6%。加通社向全国各省地的卫生管理部门要求提供因没被使用而被处理的疫苗数量和原因，但安省拒绝提供数据，育空和爱德华王子岛也只提供了数据而没有详细的原因。根据现有的数据，各省浪费疫苗的情况差别很大，比如最高的阿尔伯塔省，占总数10%的疫苗被浪费，而最低的新斯科舍省只有0.3%的疫苗被当垃圾处理。疫苗被浪费的原因多种多样，包括疫苗过期，装有疫苗试剂的小瓶或注射器掉地上，注射器有缺陷或疫苗瓶损坏，疫苗管理不善，储存冷链遭到破坏等。一些疫苗接种率较低的地区还强调，由于接种的人越来越少，打开疫苗瓶后用不完，浪费现象是不可避免的。不过有医生表示，目前各省对第三针疫苗的接种设置了各种条件，如果放开对第三针的限制，将会减少疫苗浪费的现象。