法国巴斯德研究所，法国新冠疫情

4月28日，法国巴斯德研究所发布新闻公告，该所已完成“法国输入性与早期传播病毒的朔源分析”相关研究，研究结果于近日以“预发表”发布在美国生物学论文档案网bioRxiv.org。 巴斯德研究所建于1886年，是法国著名的私营研究机构，在全球生物学、微生物学、疾病和疫苗等相关研究领域具有举足轻重的地位。 根据该研究，法国暴发的新冠肺炎疫情并不是由1月份来自中国的输入病例引起的，也并非来自意大利，而是来自一种在当地传播的来源不明毒株。该研究由法国国家呼吸道感染病毒参考中心主任西尔维·范·德维尔和巴斯德研究所RNA病毒进化基因组学负责人埃蒂安·西蒙·洛里埃共同牵头。 根据巴斯德研究所提供的新闻稿，继去年12月武汉市出现新冠肺炎疾病后，法国于1月10日开始病毒监测，由巴斯德研究所和法国呼吸病毒研究所（NRC）负责启动密切关注流程。 法国于1月24日发现首例新冠病毒感染者，这也是欧洲首例新冠肺炎患者，另有其他两例中国输入性病人也很快被检测和收治。法国政府迅速采取措施，追踪了这些患者的密切接触者，阻止了病毒的进一步传播。1月份的中国输入病例没有在法国引发局部传播，显示出法国采取预防病毒扩散系列措施的有效性。 法国采集的新冠病毒样本均储存在国家呼吸病毒研究所，巴斯德研究所RNA病毒进化基因研究组研究人员对97份法国病毒样本和3份来自阿尔及利亚病毒样本进行了基因测序与比对和溯源分析，并建立病毒进化树图谱。对比研究表明，法国流行的新冠病毒和1月发现的中国输入感染病毒并非来自同一毒株，虽然来自同一个“祖先”但属于不同的分支。导致法国本地疫情的主流分支，与来自中国和意大利的输入病例都不相同。令研究人员感到意外的是，后来采集的病毒毒株中有一些的遗传学年龄比该进化枝中的第一个样本更为古老，即更接近于原始病毒。据论文作者们称，一个可能的解释是，在没有被卫生当局察觉的情况下，本地传播当时已在法国存在了一段时间。 样本主要为鼻咽拭子和痰液，采样时间为1月24日至3月24日。法国该阶段确诊病例22302人，死亡1100人，疫情主要流行于法国北部。 全部样本均采自于有临床症状的确诊患者，同时将籍贯、旅行史、发病时间、病毒载量和采样部位纳入基因比对内容。 法国3月疫情主要地区分布图 法国新冠肺炎样本单核酸多态性发生部位比较图 根据欧洲精准医疗平台首席科学家及免疫学家鞠丽雅对该溯源研究的解读，图中显示： 1、取自法国东南部并有意大利旅行史的病毒株（GE1583，B2340）与法国北部的不同，但和意大利北部流行株类似，而且没有在法国流行； 2、法国首例武汉患者（IDF0372），其单核酸多态性 G22661T是独有的，与法国的所有病毒基因不同； 3、法国北部地区的代表性病毒基因为 GE1973 （东大地区）， IDF2849（大巴黎地区） 和 N2223 （诺曼底地区）； 4、有欧洲旅行史的代表基因为 IDF2792； 5、3份取自阿尔及利亚的病毒株与法国北部流行株同源。 巴斯德研究所将法国检测的样本序列与全球共享流感数据倡议组织（GISAID）发布的338份新冠肺炎病毒序列进行比对和溯源分析，并建立病毒进化树图谱。 对比研究表明，法国流行的新冠病毒和1月发现的中国输入感染病毒并非来自同一毒株，两种病毒来自同一个“祖先”，但属于不同的分支。导致法国本地疫情的主流分支，和来自中国和意大利的输入病例都不相同。 法国现今流行的病毒样本中，最早一个样本是2月19日从一名患者身上采集的，该患者没有国内外旅行史，也没有和海外归国的旅行者接触过。该患者于2月25日去世，随后法国出现大规模疫情潮。 来自不同地区病毒进化树 鞠丽雅博士对科技日报记者表示，从图中可以看到： 来自亚太地区（包括湖北武汉）的病毒株与法国病毒株没有关联； 来自美国病毒株与法国的关联不大； 法国北部流行病毒株（不同地区有不同彩色）均出自于同一原始株。 用通俗的话来解释，法国新冠病毒是一个历史久远的大家族，和中国武汉的病例相隔甚远。 综合上述结果，巴斯德研究团队提出，由于最有代表性的基因型的最早病例并没有旅行史，意味着早在2月份欧洲疫情爆发之前，已经有病毒在法国和欧洲其他国家“悄然”流行，且大部分是轻症或无症状，因而长时间未被发现。这项工作为法国病毒溯源提供了线索，并强调在无症状病例大量存在的情况下，遏制病毒传播面临挑战。 巴斯德研究所指出，许多国家的病毒取样工作仍然不完全，因此无法精确估算出法国新冠病毒的来源或输入时间。 巴斯德研究所RNA病毒进化基因组学负责人埃蒂安·西蒙·洛里埃指出，“根据我们的首次观察，法国流行的新冠病毒感染与无症状病例有关。对不同地区的新冠病毒进行测序很重要，以便能更好地了解法国新冠病毒的流行轨迹。” 编辑： 步虚 来源：科技日报，香港南华早报